Další komplikovanou otázkou byl nátlak nacistů na deportace bulharských Židů, což car odmítal. Nakonec se Borisovi podařilo zachránit před nacisty na 50 tisíc Židů, jejichž deportaci tvrdě požadovali nacisté. Car se ale vymluvil, že židovskou pracovní sílu potřebuje na přestavbu země a všechny plánované deportované Židy nechal zaměstnat na stavbách silnic a železnic. Situace došla tak daleko, že si Borise v srpnu 1943 předvolal samotný Adolf Hitler. By Unknown author - Лични и семейни архиви, Public Domain, https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=86134287