Rekreační areál a konferenční centrum Čapí hnízdo se nachází na území středočeské obce Olbramovice na Benešovsku. Farma byla vybudována na místě někdejšího statku a lihovaru. Stavební práce byly zahájeny v roce 2006. 

Projekt s názvem „Multifunkční kongresový areál Čapí hnízdo“ získal v roce 2008 dotaci ve výši 50 milionů korun, která byla určená na podporu malých a středních podniků. V době před získáním dotace však patřila farma pod Agrofert podnikatele Andreje Babiše. Součástí holdingu byla do 15. února 2008. Poté došlo ke změně vlastnictví. Byla přejmenována na Farmu Čapí hnízdo a převedeno na akcie na majitele. Skutečného majitele tak nebylo možné dohledat. Během mimořádné schůze Sněmovny Babiš uvedl, že majiteli akcií v té době byly jeho dvě dospělé děti Adriana Bobeková a Andrej Babiš mladší a bratr jeho partnerky Moniky. 

V dokumentárním snímku Víta Klusáka Matrix AB z roku 2015 Babiš hovořil jako o svém nejlepším projektu. V otázce vlastnictví uváděl Babiš v průběhu času rozporuplné odpovědi. Například řekl, že ji vlastní nějací advokáti.

Pokud by byla farma součástí Agrofertu, na dotaci by neměla nárok. V tom tkví jádro kauzy Čapí hnízdo, ve které je Babiš podezřelý z účelového čerpání evropské dotace. Když Babiš vstoupil v roce 2011 do politiky, dostala se kauza Čapí hnízda do pozornosti médií. 

Po uplynutí pětileté lhůty, kterou stanovovaly dotační podmínky, společnost Farma Čapí hnízdo zanikla. Prostřednictví fúze se stala součástí společnosti IMOBA, jejímž jediným akcionářem je společnost SynBiol, vlastněná Andrejem Babišem.  IMOBA už v letech 2006 až 2011 nakupovala pozemky, které buď spadají do areálu Čapího hnízda, nebo s ním těsně sousedí.

V listopadu 2015 přijalo státní zastupitelství trestní oznámení na dotační podvod na základě zveřejněných článků o této kauze. Policie začala zjišťovat, jak Babiš získal dotace na Čapí hnízdo a v srpnu 2017 obdržela Poslanecká sněmovna žádost o vydání předsedy hnutí ANO Andreje Babiše a prvního místopředsedy hnutí Jaroslava Faltýnka k trestnímu stíhání. Obviněno bylo celkem 11 lidí. Sněmovna oba poslance k trestnímu stíhání vydala. Poprvé 6. září 2017, pak následovaly volby, ve kterých byli oba znovu zvoleni a sněmovna je pak vydala trestnímu stíhání podruhé 19. ledna 2018.

Faltýnek byl v květnu 2018 obvinění zbaven. Obviněným osobám hrozí stíhání pro podezření ze spáchání trestných činů dotačního podvodu a poškození finančních zájmů Evropské unie. Podle obvinění měl koncert Agrofert čerpat dotaci skrze nastrčenou malou firmu, čímž vznikla škoda ve výši 50 milionů korun. Dozorujícím žalobcem je Jaroslav Šaroch. 

Sporný projekt vyjmulo ministerstvo financí na doporučení Evropské komise z evropského financování. Padesátimilionovou dotaci společnost IMOBA vrátila Regionálnímu operačnímu programu Střední Čechy. Společnost však trvala nadále na tom, že dotace byla čerpána v souladu se zákonem.

Udělení dotace bylo od roku 2016 také vyšetřováno Evropským úřadem pro boj proti podvodům (OLAF).

30. srpna 2019 rozhodl státní zástupce Jaroslav Šaroch o zastavení stíhání všech obviněných osob v kauze Čapí hnízdo včetně premiéra Andreje Babiše. Se změnou právního názoru na mediálně sledovanou kauzu se o dva týdny později ztotožnil vedoucí městský státní zástupce v Praze Martin Erazím. V pátek 13. září 2019 zastavil trestní stíhání všech obviněných v kauze Čapí hnízdo včetně premiéra Andreje Babiše. 

Poslední slovo měj nejvyšší státní žalobce Pavel Zeman, ke kterému doputovalo Šarochovo rozhodnutí dne 17. září 2019. Pavel Zeman měl tři měsíce na to, aby rozhodl zda je kauza u konce, nebo jestli předchozí verdikt o zastavení zruší a nařídí další vyšetřování.

Dne19. září 2019 prezident ČR Miloš Zeman uvedl v televizi Bararandov, že pokud by vyšetřování premiéra Andreje Babiše v kauze Čapí hnízdo pokračovalo, zastavil by jeho stíhání. Využil by takzvané abolice.

Dne 4. prosince 2019 Pavel Zeman zrušil usnesení o zastavení trestního stíhání premiéra Andreje Babiše a Jany Mayerové ze společnosti Farma Čapí hnízdo. Zastavení trestního stíhání bylo podle něj nezákonné a předčasné. Zeman dále na tiskové konferenci uvedl, že stíhání Babišových rodinných příslušníků naopak definitivně končí.